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सेंगर की प्रोटीन अनुक्रमण विधि प्रोटीन की प्राथमिक संरचना ज्ञात करने के लिए एक महत्वपूर्ण तकनीक है। इस विधि में मुख्य उद्देश्य अमीनो अम्लों की सही श्रृंखला को निर्धारित करना होता है। सबसे पहले प्रोटीन को छोटे-छोटे पेप्टाइड खंडों में तोड़ा जाता है, ताकि उनका विश्लेषण सरल हो सके। इसके लिए प्रोटीन को विभिन्न एंजाइमों जैसे ट्रिप्सिन या रासायनिक अभिकर्मकों का उपयोग करके पेप्टाइड्स में विभाजित किया जाता है। सेंगर ने 1-फ्लुओरो-2,4-डिनाइट्रोबेंजीन (FDNB) नामक अभिकर्मक का प्रयोग किया, जिसे सामान्यतः डिनाइट्रोफ्लुओरोबेंजीन या DNFB कहा जाता है। यह अभिकर्मक विशेष रूप से पेप्टाइड या प्रोटीन के एन-टर्मिनल अमीनो अम्ल के साथ अभिक्रिया करता है। जब प्रोटीन को FDNB से अभिक्रिया कराई जाती है, तब यह केवल पहले अमीनो अम्ल के साथ जुड़कर स्थायी यौगिक बनाता है। इसके बाद प्रोटीन को अम्लीय अपघटन द्वारा पूरी तरह तोड़ दिया जाता है। परिणामस्वरूप सभी अमीनो अम्ल मुक्त हो जाते हैं, लेकिन एन-टर्मिनल अमीनो अम्ल DNFB के साथ स्थायी रंगीन डेरिवेटिव के रूप में अलग पहचाना जा सकता है। इस प्रकार पहला अमीनो अम्ल ज्ञात हो जाता _______ ___________ ___________ _______ ____________ ____________ ____ __________ ____________.
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